Коллектив театра родился в 2004 году в стенах Санкт-Петербургской консерватории им. Римского-Корсакова, когда на режиссерский факультет поступила будущий Художественный руководитель театра Анастасия Удалова. Первое название коллективу - "Театр музыкальной сказки" - придумала Лидия Львовна Волчек, директор школы-студии, на базе которой стал развиваться будущий театр. В последствии Лидия Львовна стала членом попечительского совета уже самостоятельного театра "Синяя птица". В 2005 -2006 годах настало время первых наград, среди которых несколько Гран-При больших фестивалей. Через несколько лет количество дипломов за постановки, а также актерские работы уровня лауреата первой степени и выше, увеличилось в разы.
В 2009 году Анастасия Удалова начала свою деятельность в качестве режиссера театра Музыкальной комедии. И студия, насчитывающая уже более 30 юных актеров, переехала в прославленный театр на Итальянской улице. Там, при поддержке директора театра, Юрия Алексеевича Шварцкопфа воспитанники Анастасии Удаловой впервые вышли на сцену вместе с лучшими артистами музыкального театра. Постановки, осуществленные в период с 2009 по 2013 год, стали известны всему Петербургу. Это мюзиклы " Оливер!", "Брысь!", "Аладдин", "Чаплин", оперетты "Графиня Марица", "Фиалка Монмартра" и другие. К 2011 году коллектив насчитывал уже 70 человек. В городе стал активно развиваться жанр мюзикла. И в театре Музыкальной комедии, кроме основной труппы, появилась ещё одна, новая, только зарождающаяся труппа. Так начиналась эпоха "Бала Вампиров". В последствии выпускники студии театра "Синяя птица" стали актерами этого эпохального спектакля. В 2013 году сотрудничество коллектива Анастасии Удаловой с театром Музыкальной комедии видоизменилось. Пришла пора стать самостоятельным театром. И при поддержке Александра Аркадьевича Белинского, Сергея Петровича Лейферкуса и Екатерины Эдуардовны Удаловой в городе была зарегистрирована Автономная некоммерческая организация Объединение начинающих и профессиональных деятелей искусства «Санкт-Петербургский музыкально-драматический театр Синяя птица».
Своей главной целью и задачей учредители театра определили поддержку и развитие молодых специалистов в области театрального и музыкального искусства, а также социализацию и интеграцию детей через культуру. Основу самостоятельного репертуара театра составили спектакли для детской аудитории и семейного просмотра. Теперь, уже в собственных постановках, вместе на сцену вышли именитые опытные и молодые артисты, а детские роли стали исполнять воспитанники уже студии при театре "Синяя птица". Тогда же у организации появился свой постоянный штат артистов. В 2014 году на сцене театра "Мюзик-Холл" вышел первый мюзикл театра "Все мыши любят сыр". Надо сказать, что благодаря поддержке директора театра "Мюзик-Холл" Юлии Николаевны Стрижак, сотрудничество с театром "Мюзик-Холл" продолжается по сей день. Сейчас уже в совместном репертуаре идут такие сказки, как: "Малыш и Карлсон", "Приключения Маши и Вити", "Путешествие Нильса с дикими гусями", "Принцесса без горошины", мюзикл "Синяя птица", "Королевский бутерброд" и другие. В 2019 году театр выпустил первый спектакль для взрослой аудитории - мюзикл в джазовом стиле "Мышьяк и кружева", в котором режиссер спектакля, Анастасия Удалова, собрала лучших артистов музыкального Петербурга.